黄河自东明县焦园乡王家堤入境，流经菏泽、郓城，至郓城县伟庄乡仲潭出境，境内长185公里，为西南、东北流向。河面最宽10公里，最窄3公里，河水含沙量为27．8公斤/立方米。有流域面积50平方公里以上的河流83条，100平方公里以上的大型河流42条，其中大型骨干河流10条，分属洙赵新河、万福河、东鱼河、太行堤河、黄河故道五大排水系统，多为东西流向，均属淮河水系。

　　东鱼河

　　东鱼河系南四湖以西排水系统调整时新挖河道，上起东明县刘楼村，横贯菏泽、曹县、定陶、成武，至单县出境，境内长123．2公里，流域面积5206平方公里，是南部主要排水河道，并接收河南省兰考县的客水。

　　洙赵新河

　　洙赵新河上起东明县高村东北，流经菏泽市北部、郓城县南部和巨野县中部，与邱公岔河汇流后出境，境内长102．2公里，流域面积4119平方公里，是菏泽地区北部的主要排水河道。