境内除过境黄河外，黄河以南是小清河水系，黄河以北是海河流域水系，两水系与黄河之间还夹有两条滨海河道。

　　一、黄河

　　黄河为过境主要客水河道，横贯全区中部，自邹平县西北部的苗家村附近入境，流经邹平、高青、博兴三县和惠民、滨县两县之间，穿越滨州市中南部，在博兴县老盖家村附近入东营市。境内河段长94公里，南堤长99.3公里，北堤长91.6公里，两堤间滩区面积为158.8平方公里。

　　二、小清河水系

　　小清河自邹平县西部的五龙堂入境，横穿区境南部，流经邹平、高青、博兴三县，在博兴县东部道口村附近入东营市，境内河道长76.16公里，有排水面积30平方公里以上的支流29条，总长度430.1公里，主要有孝妇河、胜利河、杏花河、预备河、乌河等。

　　三、海河水系

　　境内海河流域河道有徒骇河、德惠新河、马颊河、漳卫新河和秦口河、以及排水面积30平方公里以上的52条支流河道，海河流域各河河床落差较小，河口附近海域潮差较大，各河均有相当长的河段受海上潮汐影响，河口泥砂淤积，形成“拦门沙”。徒骇河自惠民县西部的郑家村附近入境，流经惠民、滨县、沾化，至沾化县西北部汇入套儿河注入渤海，是境内黄河以北的一条主要洪水河道，境内河段长150.1公里，有排水面积30平方公里以上的支流15条，总长271公里，主要有土马沙河和胡营河。

　　德惠新河是为改善徒骇河、马颊河之间地区的排水条件，于1968年开挖的一条河道，自阳信县西部的八里泊村附近入境，过德州地区庆云县境，再入区内无棣县，在黄瓜岭村东与马颊河汇流入渤海。内河段长68.2公里。

　　马颊河由无棣县西部的李辛庄附近入境，流经无棣县北部与德惠新河汇流入渤海，境内河段长43.8公里，有排水面积30平方公里以上的支流2条，长45.3公里，主要有笃马河、朱家河、德王河等。

　　漳卫新河是无棣县与河北省海兴县的界河，流经无棣县西北边缘，在无棣县北部的大口河入渤海，境内河段长38公里。原名四寺减河，1968年更今名。

　　秦口河境内黄河以北地区排涝的骨干河道，居境内海河流域中心，起自沾化县赵家山村附近，至烟袋沟与徒骇河相汇，入套儿河注入渤海，长39.3公里，有排水面积30平方公里以上的支流28条，总长689.6公里，其中排水面积100平方公里以上的支流10条，共长420.9公里。涉及惠民、阳信、无棣、沾化四县。

　　四、滨海河道

　　支脉河源自高青县南部的前池村，与小清河并行，东至博兴县王浩村附近入东营市，境内河道长66公里。有排水面积30平方公里以上的支流21条，总长323.5公里，北支新河为其主要支流，源自高青县西部的五里村，东至博兴县王浩村附近汇入支脉河，长度为60.5公里。

　　潮河是为解决黄河与徒骇河之间地区的排涝，于1965年开挖的一条独流入海的河道，起自滨县张集乡双刘村西的西沙河，流至沾化县东北部洼拉沟等滨海潮沟注入渤海，全长75.6公里。有排水面积30平方公里以上的支流7条，总长262.4公里，其中排水面积100平方公里以上的支流5条，共长220.9公里。

　　湖泊

　　麻大湖位于小清河以南博兴、桓台两县交界处，因地势低洼，由孝妇河、乌河、潴龙河等汇流于而成。地势西南高，东北低，东西长约7公里，南北宽约4公里，周长近30公里，总面积17.6平方公里，其中博兴县境内约7.4平方公里。盛产藕、苇、蒲、鱼、虾、蟹等。该湖还兼有滞洪作用。建有义和闸与小清河相通。

　　大芦湖位于黄河以南、小清河以北的高青县境内。该湖原为一自然洼地，易积水，俗称“芦洼”，旧有“九水归芦”之说。现有数条沟渠与之相通，排水工程已形成系统，枯水时可引黄河水充灌，盛水时可顺沟渠排泄，已形成季节性淡水湖。东西最长4公里，南北最宽处2公里，面积约6平方公里，盛水期平均水深1米多，建有鱼种场，盛产蒲、苇、鱼、虾。

　　芽庄湖位于小清河南邹平、章丘(属济南市)两县边境，为一滞洪湖泊，总面积5.62平方公里，境内3.25平方公里。丰水年份可蓄水滞洪，枯水年份，西南部可垦种粮食作物。